Au XVIIIe siècle la médecine est encore freinée dans ses recherches par sa séparation avec la chirurgie. Le Traité des membranes (1799) de Xavier Bichat fonde l'anatomopathologie en proposant une nouvelle vision de l'anatomie basée sur les enveloppes des organes qui permet de prédire l'évolution de maladies comme la tuberculose. René Laënnec publie le « Traité de l’auscultation médiate » (1819) qui accorde de l’importance à l’examen des organes internes et annonce le stéthoscope. Ces nouvelles méthodes de diagnostic sont corrélées avec des examens post-mortem : la dissection prend une part primordiale dans les recherches médicales.
L’anatomie pathologique connaît une nouvelle révolution avec l’invention du microscope dans les années 1830.