Pratique ancienne visant à transformer les métaux grâce à la pierre philosophale, l'alchimie était à l’origine considérée comme une vraie science. Elle a en effet contribué au développement de la chimie moderne grâce aux découvertes de nouvelles substances et au développement de techniques de laboratoire. Elle présentait également un courant orienté vers la prolongation de la vie : l’alchimie médicale. De nombreux traités d'alchimie sont présentés dans Numerabilis : œuvres complètes de Paracelse, manuscrits de Nicolas de Locques, médecin de Louis XV, Nicolas Flamel, Avicenne, mais également Isabella Cortese, alchimiste italienne de la Renaissance. Certains traités abordent les aspects plus spirituels et philosophiques de l’alchimie.